L'Acquario del Salento nasce nell'ambito del progetto APREH (interdisciplinary Acquaria for the PRomotion of Environment and History) finanziato con i fondi del Programma di Cooperazione Territoriale Grecia-Italia 2007/2013 e ha visto la partecipazione, tra gli altri, di enti e istituzioni della zona quali l'Università del Salento (Leader Partner del Progetto), la Provincia di Lecce e la Municipalità di Nardò. Il progetto prevede, inoltre, la realizzazione di una struttura gemella nel comune di Cefalonia.

Il percorso si sviluppa lungo 17 vasche di acqua marina, organizzate in quattro ambienti tematici che mediante allestimenti suggestivi e fedeli ricostruzioni consentono di scoprire, accanto alla variegata fauna locale, i principali naufragi e inabissamenti lungo la costa jonica. Una sala multifunzionale che può ospitare circa 50 posti a sedere dedicata ad attività didattiche, alla proiezione di filmati o ad ospitare convegni e mostre temporanee.