La sede è nell’Episcopio di Larino, ma fa parte di un percorso museale che comprende la Basilica Cattedrale, la chiesa di San Francesco, la chiesa di Santo Stefano e il palazzo ducale. Tutto inserito nel significativo centro storico di Larino. La prima sezione del Museo è stata realizzata nella sagrestia della Cattedrale e vi sono esposti:  l’altare, il trono vescovile, gli stalli del coro della Basilica, i mobili della sagrestia, numerose tele e tavole dipinte e l’argenteria che vanno dal XVII al XIX secolo. Significativi sono due pannelli lignei del XV secolo.

Un orologio da torre, realizzato da Francesco Grassi di Casacalenda nel 1785, in funzione, fino agli anni Ottanta del Novecento, sul campanile della Basilica Cattedrale di Larino, è ora esposto, in forma permanente, nel Museo.