Il museo ospita nelle sale espositive al piano terra e al primo piano esposizioni, generalmente a ingresso libero, eventi (incontri con autori, presentazioni, convegni, giochi) e spettacoli (teatro, concerti musicali, proiezioni). È aperto al pubblico nel pomeriggio, mentre la mattina si svolgono le attività didattiche per le scuole. La sede dispone di una sala di lettura aperta al pubblico, di un bookshop e di un punto di ristoro (caffetteria Boom), aperta anche oltre la chiusura delle sale di esposizione.

Il museo si propone di recuperare la memoria collettiva di un'arte “minore” come quella del fumetto, aprendosi inoltre alle aree vicine (illustrazione, cinema, televisione, pittura, scultura, fotografia, animazione, letteratura, musica). Come sede è stata scelta Milano in quanto la città ospita le maggiori realtà produttive nel campo (Disney Italia, Panini, Sergio Bonelli Editore, Astorina).

Il patrimonio del museo è costituito da centinaia di migliaia di materiali dell'archivio della Fondazione Franco Fossati, provenienti da molti paesi del mondo e conservati in maggior parte in depositi esterni, che vengono esposti in grandi mostre. Tra queste si segnalano quella per gli 80 anni di Topolino, quella sul Carosello televisivo e quella sul fumetto in Belgio, in collaborazione con il Centre belge de la bande dessinée di Bruxelles.