L'attuale Museo Popoli e Culture nasce nel 1910 con il nome di "Museo etnografico indo-cinese". La sua storia è strettamente intrecciata con quella dei padri missionari. Le prime raccolte furono, infatti, portate in Italia da padre Carlo Salerio partito nel 1852 per la Papua Nuova Guinea con la prima spedizione del Pontificio Istituto Missioni Estere.
Di quella prima raccolta si salvarono però solo pochi reperti, poiché a causa dei bombardamenti aerei su Milano nel 1943, la collezione andò quasi completamente distrutta. Due di questi oggetti sono tuttora conservati presso il Museo. Oltre a questo primo nucleo, il Museo conserva vari esemplari di carte geografiche eseguite da mons. Volonteri, missionario del PIME e vicario apostolico della provincia cinese di Henan, il quale si dedicò alla cartografia. Infine, padre Raffaello Maglioni (1891-1953), archeologo, riportò alla luce una grande quantità di reperti delle culture neolitiche della Cina meridionale. Dopo la sua morte, i missionari del PIME donarono l'intera raccolta al Museo di Storia di Hong Kong, ma dal 1983 una piccola parte del materiale scoperto da padre Maglioni è stata concessa in prestito al Museo milanese.
Negli anni Settanta segnano un sostanziale cambiamento d'impostazione: una nuova sede permette l'allestimento di due sale distinte, una dedicata all'arte orientale ed una ai reperti di carattere etnografico; anche il nuovo nome di "Museo d'Arte estremo orientale e di Etnografia" riflette questa diversa impostazione.
Dal 1998 assume l'odierna denominazione, Museo Popoli e Culture, ed è in occasione del centenario (2010) che viene nuovamente rinnovato presentando l'allestimento attuale.
