Il Museo, con il supporto di numerosi pannelli didattici, illustra tappa per tappa l’evoluzione del territorio, dal Neolitico fino alla colonizzazione romana.

Apre il percorso il Neolitico con le sue innovazioni tecnologiche. Strumenti in pietra scheggiata e levigata trovati nel territorio lombardo documentano la lavorazione della pietra dal VI al IV millennio a.C., periodo in cui le comunità diventano sedentarie e passano da un’economia di caccia e di raccolta all’agricoltura e all’allevamento. Cominciano anche la produzione di recipienti in ceramica, la filatura e la tessitura. Vasi dal caratteristico colore nero lucido scoperti nell’abitato della Lagozza di Besnate (Varese, prima metà del IV millennio a.C.), insieme agli strumenti per filare e tessere, testimoniano l’ultima fase del Neolitico.

Segue l'Età del Bronzo (in Italia settentrionale, 2200-900 a.C.), caratterizzata dalla lavorazione del rame e delle sue leghe e dall’impiego dell’aratro e del carro. Una vetrina è dedicata ad alcuni ripostigli dell’Italia settentrionale, cioè riserve di metallo grezzo, lavorato o da rifondere, nascoste sottoterra e una alla metallurgia, con pani di rame trovati nel Cremonese, ugelli da mantice e manufatti in bronzo quali spilloni, aghi e una punta di lancia. A completare il quadro della perizia tecnologica raggiunta nell’Età del Bronzo sono i manufatti in osso, corno e legno rinvenuti in varie località della Lombardia.

Il percorso museale prosegue con le testimonianze dell’età del Bronzo Finale (XII-X secolo a.C.) e la prima Età del Ferro. Questo periodo è documentato dalla Cultura di Golasecca nelle aree di Golasecca-Sesto Calende-Castelletto Ticino, Como e Bellinzona.