Il Museo raccoglie opere d'arte, cimeli, dipinti, stampe, armi ed oggetti che ricordano le guerre d'indipendenza, le Cinque Giornate di Milano del 1848 e l'epopea garibaldina.

Il percorso espositivo progettato in modo da seguire l'ordine cronologico degli eventi, si snoda attraverso quindici sale storiche a cui si è recentemente aggiunta la nuova Sala d'Armi. L'ultimo rinnovo risale al 1998 quando furono riprogettate le strutture espositive permanenti, destinate ai nuclei salienti delle collezioni, e in particolare ai cimeli.

Il museo può vantare, il manto verde e argento e le preziose insegne regali dell'incoronazione di Napoleone Bonaparte, lo stendardo della Legione Lombarda Cacciatori a cavallo ed il primo Tricolore italiano. Durante quest'ultima ristrutturazione sono stati riprogettati il sistema di illuminazione e il corredo didascalico, e recuperato il retrostante «Giardinetto romantico»