La collezione esposta nel Museo si è costituita nel corso dei decenni per iniziativa di alcuni direttori dell’Osservatorio di Brera interessati alla storia dell’astronomia, a partire da Schiaparelli, che hanno raccolto nel corridoio di ingresso dell’Osservatorio alcuni degli strumenti più significativi utilizzati dagli astronomi di Brera dalla metà del Settecento in poi. Questo nucleo di strumenti astronomici è stato arricchito da strumenti scientifici di vario tipo provenienti dalle collezioni storiche dell’Università degli Studi di Milano: telescopi, microscopi, macchine pneumatiche ed elettrostatiche, strumenti per rilevazione cartografica. Del Museo fa parte anche la cupola che contiene il telescopio rifrattore da 8 pollici (22 cm) fatto installare da Virginio Schiaparelli nel 1875 e da lui utilizzato per le sue ricerche astronomiche.