La cripta sotterranea della chiesa inferiore, alla quale si accede dalla sinistra della navata principale, è ricoperta con lastre marmoree di epoca augustea che testimoniano l'antica pavimentazione del Foro Romano. La chiesa, dopo essere stata interessata nell'anno 2009 da importanti lavori di ristrutturazione interna.

Il 19 marzo 2016, dopo oltre cinquanta anni di chiusura, è stata riaperta al pubblico la Cripta di San Sepolcro nella parte ipogea del tempio: essa fu luogo di preghiera di San Carlo Borromeo e di sepoltura di importanti famiglie della città, oltre che dei padri Oblati. Il cardinale Federico Borromeo nel 1616 affidò la realizzazione a Gian Andrea Biffi e Gerolamo Olivieri, di una palma di rame e bronzo come simbolo di «sapienza e rigenerazione». L'opera si trova nell'esatto punto d'incrocio di Cardo e Decumano dell'antica città romana. All'interno della Cripta è esposto un antico libro della Biblioteca Ambrosiana riportante la mappa che Leonardo da Vinci tracciò quando visitò la Cripta.