Già presente nel XV secolo, fu voluto e fondato da una delle Confraternite più antiche di Casteldurante, la "confraternitas fustigator". Solo nel 1520 la confraternita ebbe la possibilità di acquistare una casa adiacente all'antica sede, che fu trasformata in chiesa su progetto di Gerolamo Genga.

L'interno ad aula ospita un ciclo di affreschi di Raffaellino del Colle con la partecipazione di alcuni esponenti dell'équipe attiva alla Villa dell'Imperiale di Pesaro. Sempre del medesimo autore è l'affresco dell'altare di sinistra: la Sacra Famiglia derivante dallo stesso tema realizzato da Raffaello Sanzio per Francesco I, coronata da una splendida incorniciatura e sormontata da una lunetta con Padre Eterno. Sopra lo stesso altare è posta una Madonna in trono con Bambino, del XV secolo.

Negli anni immediatamente precedenti il 1533 Raffaellino del Colle dipinse, oltre agli affreschi, anche le due tele ai lati dell'altare maggiore: Il Redentore e gli angeli e La Madonna del velo, su committenza di Bernardino Ugolini, commissario della Massa, la cui famiglia abitava proprio di fronte alla chiesa.

La pala dell'altare maggiore è opera di Giorgio Picchi (Roma 1550/1560 - 1605), a cui fu commissionata dalla Confraternita per la ricorrenza del Corpus Domini del 1586: il tema trattato è quello dell' Ultima cena, dove il pittore riprende l'impostazione utilizzata da Giusto di Gand per l'omonimo oratorio di Urbino attualmente conservata nella Galleria Nazionale delle Marche che ha sede nel Palazzo Ducale di Urbino.

Sotto lo stesso altare è posto un Cristo Morto di legno scolpito, definito antichissimo già nella visita pastorale del 1620, risalente probabilmente al XV secolo e realizzato in una locale bottega.