Il Museo è dedicato a San Giuseppe da Copertino (al secolo Giuseppe Maria Desa; Copertino-Le, 1603 – Osimo-An, 1663).

E' situato all'interno del Convento dei Frati Minori Conventuali, a sua volta inglobato nell'area del Santuario omonimo, ed è stato allestito nelle stanze che ospitarono gli ultimi anni di vita del Santo, dal 1657 al 1663, anno della sua morte.

Nella cappella privata, dove il Santo durante la celebrazione della Messa compiva i suoi mistici voli, è collocato uno splendido altare in legno, con una tela del XVII secolo che rappresenta la Nascita di Maria di autore ignoto, della scuola del pittore veronese Claudio Ridolfi (Verona, 1570 ca. – Corinaldo, 1644), molto attivo nelle Marche.

Negli armadi sono conservate alcune vesti e gli abiti religiosi del santo, gli arredi liturgici, immagini sacre miniate su pergamema, ed altro materiale documentario risalente al XVI secolo.