Il Museo fu inaugurato nel 1958 in alcuni ambienti dell'antico Palazzo Vescovile (XIII secolo). Successivamente, la sede del Museo è stata trasferita nel piano nobile (primo piano) dell'Episcopio, dove è stata allestita un'esposizione più ampia ed articolata, inaugurata il 23 maggio 2006 per volere del vescovo Luigi Conti.

Tra le varie opere, si segnalano di particolare interesse una Sacra Famiglia, attribuita ad Andrea Mantegna (1431-1506), un tabernacolo in legno dorato e dipinto del XV secolo, una Madonna del Cardellino datata e firmata Giacomo da Recanati (1443), un trittico raffigurante una Madonna e Santi di Ludovico Urbani da San Severino (1460-1493), una Santa Lucia attribuita a Giovanni Francesco Barbieri detto il Guercino (1591-1666), una Virgo Purissima di Giovanni Battista Salvi detto il Sassoferrato (1605-1685) ed alcune statue lignee raffiguranti San Pietro, Santa Lucia e Santa Apollonia del XVII secolo.

Il Museo è sede distaccata del Museo Diocesano di Macerata.