Il Museo della città sorge all’interno dei suggestivi ambienti dell’antico ospedale di San Tommaso di Canterbury (sec. XIII) e dell’ex pescheria fondata nel 1817. Si tratta di un vero e proprio museo che permette di conoscere la storia di Ancona dalla preistoria all'epoca moderna (1960), utilizzando reperti archeologici, opere d'arte, carte topografiche, documenti, ma soprattutto plastici ricostruttivi, chiari pannelli didattici e video tematici.

Si segnalano le seguenti opere:

- reperti di una tomba femminile di età ellenistica
- stele greca "di Sopatro", con bassorilievo e iscrizione
- plastico antico rappresentante la Cittadella di Ancona
- dipinti di Luigi Vanvitelli rappresentanti il Lazzaretto di Ancona e il Molo Nuovo, da lui stesso progettati.
- il plastico della città nella prima metà dell'Ottocento, di grande formato.