Il percorso del Museo inizia con un grande plastico tridimensionale della Riserva Statale Naturale “Gola del Furlo”, in scala 1:5.000, che riproduce fedelmente l’intero territorio protetto, offrendo una visione d’insieme delle sue principali caratteristiche geomorfologiche e botanico-vegetazionali, degli antichi borghi rurali e delle strutture architettoniche più significative.

Proseguendo nel percorso museale si accede ad una saletta dedicata alle rocce del Furlo e alla sua storia geologica e paleontologica. In questa sala, insieme ad alcuni pannelli descrittivi, è stata realizzata una vera successione stratigrafica dei monti del Furlo mediante l’apposizione a parete di alcuni campioni di rocce e ammoniti, in ordine cronostratigrafico. Un viaggio a ritroso nel tempo, dove le pietre, come fossero segni, raccontano una storia che risale a oltre 200 milioni di anni fa. Proseguendo l’itinerario della sezione geologico-paleontologico, si accede al corridoio vetrato dove sono conservati i fossili del Furlo. In questa sezione è possibile ammirare una ricca collezione di ammoniti distribuite in otto espositori.

Superata la sala dei fossili si accede alla sezione faunistica del museo, dove sono esposti numerosi esemplari di specie animali, appartenenti in prevalenza alle classi di uccelli e mammiferi.

L’ultima sala, al piano primo del museo, è dedicata al lavoro in cava. Al suo interno è presente un diorama che riproduce le attività dei cavatori e degli scalpellini nella grande cava del Monte Pietralata negli anni ’30 del secolo scorso.