Il Museo raccoglie oltre duecento ceppi in gesso riproducenti le specie più comuni tra i funghi del territorio del Montefeltro. La struttura è stata potenziata con apparecchiature informatiche collegate in rete in grado di connettersi a banche dati multimediali riguardanti il patrimonio naturale della Provincia di Pesaro e Urbino e la micologia in generale. La biblioteca multimediale, composta da un archivio di CD-Rom inerenti argomenti scientifico-naturalistici, è a disposizione dei visitatori del centro per la consultazione.

Completano il museo una sala conferenze da quaranta posti circa, attrezzata per incontri e dibattiti scientifici, e un laboratorio per esperienze di didattica ambientale.