La Confraternita dei Flagellati o Disciplinati di San Ginesio ottenne dal Capitolo Vaticano di poter erigere, su uno spazio di terreno posto in contrada Valle Vetica nel rione di Brugiano, una chiesa dedicata all’Apostolo Tommaso. La costruzione dell’edificio sacro, iniziata da Tommaso Piantarosa nel 1339, fu terminata nel 1365. La Confraternita condusse la chiesa fino alla soppressione napoleonica. Nel 1823 vi fu istituita la Confraternita del Sacro Cuore di Gesù, volgarmente detta dei Sacconi. Tale Confraternita è tuttora viva e operante e ha provveduto al restauro della chiesa e del complesso, che comprende anche un piccolo museo della fraternita e un suggestivo loggiato, retaggio di una “domus hospitalis” intitolata a san Barnaba. Nel 1546 costruzione del corpo laterale con funzione ospitaliera.