Il museo si sviluppa in tre sale in base all'epoca di appartenenza delle opere presenti. L'opera più significativa è la "Pace di Chiavenna", uno dei pezzi d'argenteria medievale più importanti d'Europa. La sua funzione era quella di copertina del Vangelo e di Pace, ovvero strumento liturgico offerto per il bacio ai fedeli prima della Comunione. Il suo nome deriva invece da un incisione in oro che vi si trova al suo interno. E' composta di 23 lamine d'oro su tavola di noce, eleganti rabeschi, 16 mosaici di pietre dure, 17 rosoncini in filigrana con 94 perle e 97 gemme (tra cui alcuni cammei) e 4 bassorilievi a sbalzo con i simboli degli Evangelisti. Sulle placche ovali di smalto, al centro dei quattro lati, sono raffigurati in alto il Pantocreatore, in basso la Visitazione, a sinistra l'Angelo e a destra la Madonna (l'Annunciazione). Al centro si trova uno scudo ovale con una croce greca gemmata in filigrana.

Il museo inoltre conserva un vasto corredo di paramenti e arredi sacri e un rarissimo codice musicale del XI secolo.