Le Sagrestie sono una sezione del Museo d'arte sacra. Inserite nel corpo strutturale della basilica, vennero edificate nel 1676 con la cappella del Rosario, al fine adibire i nuovi locali ad ambienti volti a ospitare riunioni clericali, ma anche atti alla preparazione della preghiera, sia per il clero locale che per il popolo, nelle processioni.
La progettazione, affidata all'architetto Gerolamo Quadrio, stabilì la costruzione di tre sale in una planimetria ad “elle rovesciata”. Il lato corto fu destinato alla prima sagrestia, comunicante con la quinta campata della basilica di San Martino, nella congiunzione tra i due lati della “elle” fu collocata la seconda, e nel lato lungo la terza sagrestia che si apre verso la canonica. Questo permetteva al sacerdote di celebrare la liturgia passando direttamente dalle sagrestie, dove veniva celebrato il rituale della purificazione.
All'interno si trovano una serie di sculture, intarsi, stucchi ed affreschi risalenti al XVII secolo dei migliori esponenti del barocco lombardo, tra cui Andrea Fantoni, Giovan Battista Caniana, Antonio Cifrondi, Giulio Quaglio il Giovane, Giovanni Angelo Sala e del figlio Gerolamo.
