L'oratorio è stato costruito nel 1369 su commissione del Conte Stefano Porro, personaggio molto potente ed importante (vedi alla voce Porro (famiglia)), uomo di fiducia dei fratelli Gian Galeazzo e Bernabò Visconti, Signori di Milano, ed ambasciatore di questi presso la corte dell'Imperatore Carlo IV di Boemia.

Il più importante affresco dell'oratorio è la Crocefissione di Anovelo da Imbonate, della scuola di Giovanni da Milano (che fu discepolo di Giotto), il quale dipinge anche le vele e l'Imago pietatis posta sulla lunetta del portone d'entrata. Gli affreschi di Anovelo richiamano così tanto il pittore fiorentino che si è a lungo creduto fossero di quest'ultimo.

Gli altri affreschi sono opera di un gruppo di pittori chiamati per convenzione Maestri di Lentate, rappresentanti della scuola tardo-gotica nota come Gotico Internazionale. Il ciclo di affreschi dedicato al Santo si compone di 43 riquadri disposti su due registri. I riquadri si leggono da sinistra a destra (con le spalle all'altare) partendo dal registro superiore. Gli affreschi narrano vicende legate alla vita del Santo prima e dopo la sua morte. Le fonti sono principalmente gli Atti degli Apostoli e la Legenda Aurea di Jacopo da Varazze.

Altro affresco della chiesa, posto sulla destra dell'abside, raffigura la "Donazione" della cappella a S. Stefano; il conte viene ritratto inginocchiato, nell'atto di offrire al Santo la chiesa (che tiene tra le mani) assieme a tutta la famiglia: Caterina Figini, i figli Galeazzo, Antonio, Giovanni e le tre figlie delle quali non ci sono giunti i nomi.

I due pittori principali operano nei primi anni del XIV secolo. Sovrapposti al "velario" rappresentato sulle pareti della cappella e sotto la Crocefissione, troviamo tre affreschi "posteriori", probabilmente commissionati da altri discendenti della famiglia Porro nel secolo successivo.