Il Museo per la storia dell'Università di Pavia è un museo a carattere storico-medico, con finalità didattiche e scientifiche, che raccoglie materiale riguardante la storia dell'Università di Pavia.

La Sezione di Medicina si articola in tre sale, intitolate rispettivamente all’anatomico Antonio Scarpa, al patologo chirurgo Luigi Porta, all’istologo e patologo Camillo Golgi.

Nella Sala Scarpa l’attività di studio condotta a Pavia nel campo delle scienza matematiche, naturali e chimiche, è testimoniata da reperti relativi a scienziati quali Vincenzo Brunacci, Lazzaro Spallanzani e Luigi Valentino Brugnatelli. All’attività di Scarpa e dei suoi successori, in particolare Bartolomeo Panizza, fanno riferimento pezzi selezionati dalle collezioni anatomiche e anatomo-patologiche del suo museo e alcune scatole di strumenti chirurgici donati a Scarpa dallo stesso Imperatore Giuseppe II. Due cere anatomiche, realizzate dal ceroplasta fiorentino Clemente Susini, testimoniano l’importante carattere didattico del museo.

La Sala Porta è invece in gran parte dedicata ai preparati anatomici riguardanti il sistema circolatorio. Conservati a secco, in alcol o in soluzione di formaldeide, questi reperti testimoniano interventi chirurgici o la risposta a situazioni sperimentali. Accanto a questo materiale sono conservati anche volumi e cartelle cliniche. I pezzi della collezione che destano più curiosità sono la testa e le dita dell’anatomico Antonio Scarpa, conservati in alcol in una teca di vetro. Alcuni spiegano l’esistenza di questi oggetti associandoli al vero e proprio culto che sarebbe nato attorno al professore, mentre secondo altri fu talmente odiato dai suoi collaboratori da giungere a mutilarlo dopo la morte avvenuta nel 1832.

La Sala Golgi accoglie oggetti, manoscritti e appunti delle lezioni di Camillo Golgi, del suo carteggio e l’attestato originala del Premio Nobel assegnatogli nel 1906. Nella stessa sala sono conservati anche reperti di altri medici, tra cui gli strumenti utilizzati da Adelchi Negri e altri scienziati illustri.

La sezione di Fisica comprende due sale: il gabinetto di fisica di Alessandro Volta,che insegnò Fisica sperimentale a Pavia a partire dal 1778, e il gabinetto di fisica dell’800. Nella prima sala sono conservate le invenzioni di Volta e gli strumenti da lui utilizzati per ricerca e didattica. Nella seconda sala sono esposti gli strumenti inventati o utilizzati dai successori alla cattedra di fisica nel corso dell’800.