Il Museo ospita in cinque ampie sale esposizioni riguardanti tutti gli aspetti naturalistici della regione insubrica, con particolare attenzione all'area del Monte San Giorgio.

La collezione di fossili conta oltre 4.000 reperti di provenienza dalla Valceresio, in particolare dal giacimento di Ca' del Frate/Besnasca sul Monte San Giorgio. La collezione è costituita soprattutto da pesci, crostacei, rettili e vegetali. Di particolare importanza sono i resti di 6 esemplari di "Lariosaurus valceresii” compresi alcuni embrioni.

Oltre ad essere l'unico museo locale che presenta tutti gli aspetti naturalistici del territorio, è anche l'unico dotato di collezioni di studio oltre al materiale esposto. L'ampio parco permette anche attività didattiche all'aperto seguendo il percorso stratigrafico dotato di tutte le principali rocce del varesotto.Il Museo ospita in cinque ampie sale esposizioni riguardanti tutti gli aspetti naturalistici della regione insubrica, con particolare attenzione all'area del Monte San Giorgio.