Il Museo raccoglie testimonianze di carattere religioso, in particolare una collezione di affreschi recuperati in Valle Brembana, una raccolta di dipinti tavole e tele soprattutto di autori locali, sculture e indumenti sacri. Nelle ampie sale del Museo si trovano anche numerosi ferri antichi, un'infinità di oggetti appartenenti alle molteplici devozioni popolari, una raccolta di campane e pietre di manufatti della Valle Brembana. Il tutto e' esposto su tre piani: il primo è dedicato agli affreschi, al Natale e alle Messa Grande il secondo ai Sacramenti, al Rosario e al funerale e il terzo alle devozioni popolari.
Affianca il Museo di Zogno una raccolta di pergamene di cinquecentine, di seicentine e di opere varie; è presente inoltre un esposizione paleontologica di pesci fossili anche di rilevanti dimensioni.