Il Museo dell'affresco posizionato nella Sala delle Capriate del Palazzo della Ragione di Bergamo, raccoglie affreschi e parte di essi che decoravano la città rinascimentale e che a causa il deterioramento dovuto dal tempo e dagli eventi atmosferici, rischiavano di essere perduti per sempre. La sala con i suoi grandi spazi è luogo d'esposizione per mostre d'arte.

Sono esposti strappi della chiesa di sant'Antonio in foris di Borgo Palazzo, anche questa sconsacrata nel XIX secolo e convertita in locali per attività commerciali. Questi sono da considerarsi tra i più antichi eseguiti nella bergamasca concomitanti con quelli Trecenteschi presenti nella Chiesa di San Giorgio in Lemine di Almenno San Salvatore, del Museo del tesoro di Santa Maria Maggiore di Bergamo e della Chiesa di San Michele al Pozzo Bianco. Seguono alcuni affreschi della chiesa di santa Maria Maddalena in città bassa che raccontano la Legenda Aurea di Jacopo da Varazze. Segue una porzione di parete proveniente dalla Chiesa di Santa Maria Immacolata delle Grazie, da quella di sant'Agostino e di sant'Agata. Alcuni affreschi che seguono provengono dal convento di san Francesco.

Centrale l'Ultima cena, opera di Alessandro Allori del 1582 per il Monastero di Astino. Seguono gli affreschi del Bramante che adornavano il palazzo del Podestà e la piazza nova. La facciata era infatti, adornata da ben sei strati affrescati nel biennio 1476-77, e che erano stati coperti nel secolo successivo da Giovanni Cariani. Questi affreschi rappresentavano sette sapienti vestiti con abiti dell'antica Grecia con cartigli che riportavano brani delle opere di Seneca. Sono questi la parte più importante dell'intera collezione. Altri affreschi hanno una provenienza privata e raffigurano scene di angeli Madonne e santi, uno di particolare interesse raffigura la Madonna e Bimbo strappato dall'absidiola nord-est della basilica di santa Maria Maggiore lavoro di Pecino da Nova, di cui è documentato un pagamento nel 1383.