Il museo è suddiviso in due sezioni:

Il museo dell'abbazia è costituito dagli ambienti stessi dell'abbazia cistercense di Morimondo. La struttura del cenobio è ancora in gran parte quella medioevale del dodicesimo e tredicesimo secolo, con modifiche e parziali rifacimenti dei secoli quindicesimo, sedicesimo e diciassettesimo. La maggior parte dei restauri è stata eseguita nel ventesimo secolo; un'ulteriore campagna è giunta a conclusione nel 2008, restituendo alla fruizione del pubblico l'intero complesso monastico. Sono oggi visitabili il chiostro, la sala capitolare, le sale di lavoro dei monaci, la sala dei fondatori, il loggiato, il refettorio, il dormitorio; gli ambienti si sviluppano su quattro livelli edificativi.

Il Civico Museo Angelo Comolli è situato al primo piano del Palazzo Comunale: conserva alcune opere del pittore e affrescatore liberty Angelo Comolli. Si tratta in prevalenza di grandi cartoni preparatori per decorazioni figurate, soprattutto rappresentanti personaggi sacri, disegnati senza affettazione agiografica, ma con una carica espressiva intensissima, tratteggiati a carboncino con straordinaria sicurezza e incisività.