L'imponente costruzione della prepositurale è in stile eclettico, dal neogotico al neoromanico, con caratteristiche dell'architettura lombarda ed è stata interamente completata dal popolo lissonese nel 1926 dopo che era stata abbattuta la precedente prepositurale. Nel 1976 si è celebrato il cinquantesimo anniversario della dedicazione. La chiesa prepositurale si affaccia sulla piazza Giovanni XXIII, nel centro storico della città.

L'interno della chiesa, presenta numerosi monumenti artistici: il fonte battesimale in marmo, sovrastato da un tempietto ligneo opera di Ambrogio Fossati e protetto da una elegante cancellata in ferro battuto, sempre opera del Fossati, il pulpito, un grande Crocifisso sospeso all'arco centrale della cupola e gli altari della Madonna, di san Giuseppe, di sant'Ilario e del Crocifisso.

Prima di accedere all'abside con l'altare maggiore, si trovano due statue bronzee raffiguranti Angeli portacandelabri. Sono opera dello scultore Carlo Rigola, autore con il gemello Luigi, di molte opere tra cui la base bronzea dell'altare maggiore del duomo di Milano.

L'altare maggiore di marmo, grandioso nella sua imponenza, è costituito da tre guglie, ognuna delle quali custodisce una statua di marmo: quella centrale racchiude la statua di Gesù Cristo, le altre due quelle dei santi patroni della Collegiata. Sempre nell'altare maggiore, durante le principali celebrazioni trovano spazio sei statue dorate di santi.

La chiesa custodisce anche le statue bronzee dei patroni d'Italia, san Francesco e santa Caterina da Siena, oltre alle sculture di sant'Antonio da Padova, di santa Rita e di santa Teresa Benedetta della Croce (Edith Stein).

Imponente è invece la cupola, internamente rivestita di foglia d'oro, che in cima custodisce la colomba simbolo dello Spirito Santo.

Il coro ligneo, posto dietro l'altare maggiore, è opera dell'artigiano lissonese Angelo Arosio (detto Genola) e dell'intagliatore Orlando Fiscon: decorato con bronzi dell'artista Otello Montaguti raffiguranti scene delle vite di San Pietro e di San Paolo, custodisce i nomi dei parroci e dei prevosti che nei secoli hanno retto la prepositurale di Lissone.