Sorta come oratorio privato nel primo Duecento per iniziativa di alcune ricche famiglie locali, tra cui i Lampergo (poi diventati Melzi) e gli Aquania di Gorgonzola, fino al Seicento restò di loro proprietà. Nel Cinquecento si aggiunsero gli Angera, che avevano trasferito molti interessi a Melzo. Sconsacrata nell’Ottocento, la chiesa fu destinata a vari usi fino al completo degrado e infine restaurata a fine Novecento dagli “Amici di Sant’Andrea”. 

La zona absidale fu affrescata nel corso del Cinquecento per volontà di alcuni dei proprietari. L’affresco della Madonna di Caravaggio, di autore ignoto, rappresenta Erasmo Aquania, un erede dei fondatori, come dimostrano i suoi due testamenti datati 1522. Il professor Giovanni Agosti, studioso notissimo, ha indicato come autore dell’affresco centrale (Madonna con Bambino, 1524) Nicola Moietta, che l’anno successivo realizzerà anche la Madonna della Scoladrera ora nella chiesa parrocchiale. Il professor Giulio Bora, studioso di fama mondiale, ha attribuito gli affreschi laterali, di chiara impronta manierista (Martirio di Sant’Andrea e Pesca miracolosa, c.a. 1574) a Ottavio Semino, artista genovese attivo negli stessi anni a Milano. Di queste opere esistono i disegni preparatori, il primo dei quali custodito al Louvre e attribuito al Semino dal museo. La datazione dei due affreschi è provata dalla Visita Pastorale di Carlo Borromeo a Melzo (1573) che ordina agli eredi di Onofrio Angera di far eseguire le opere, mai realizzate, previste dal testamento di quel nobile nel 1517.