La chiesa di Santa Maria foris portas si trova su un'altura distante duecento metri dalla cinta muraria di un antico castrum, da cui l'appellativo in latino medievale. È l'edificio più antico di Castelseprio, l'unico sopravvissuto alla distruzione e l'abbandono dell'antico borgo fortificato, grazie alla devozione legata al luogo di culto. Il motivo di interesse principale è comunque l'originalissimo e straordinariamente conservato ciclo di affreschi che decora il vano dell'abside, tra le testimonianze più importanti della pittura muraria europea nell'Alto Medioevo. L'insieme fa parte del sito seriale "Longobardi in Italia: i luoghi del potere", comprendente sette luoghi densi di testimonianze architettoniche, pittoriche e scultoree dell'arte longobarda, iscritto alla Lista dei patrimoni dell'umanità dell'UNESCO nel giugno 2011.

Internamente la chiesa doveva essere intonacata e coperta da affreschi e stucchi, mentre il pavimento presentava motivi a intarsio in marmo, simili a quelli delle basiliche paleocristiane di Milano. Dalla chiesa probabilmente proviene anche l'Epitaffio di Wideramn, rara testimonianza della cultura funeraria longobarda scritta.

Gli affreschi antichi rimasti si dispiegano sulle pareti dell'abside centrale, compreso il lato che dà verso la chiesa, separato dalla navata da una parete dove si apre un arco a tutto sesto. Gli affreschi, rinvenuti casualmente nel 1944, rappresentano scene dell'infanzia di Cristo ispirate, sembra, soprattutto ai Vangeli apocrifi. Sorprendente è la tecnica compositiva, che lascia emergere una sorta di schema prospettico di diretta ascendenza classica, oltre a un chiaro realismo nella rappresentazione di ambienti, figure umane e animali. Il ciclo di affreschi testimonia così la permanenza, in tarda età longobarda, di elementi artistici classici sopravvissuti all'innesto della concezione germanica dell'arte, priva di attenzione ai risvolti prospettici e naturalistici, e più concentrata sul significato simbolico delle rappresentazioni.

La chiesa di Santa Maria foris portas è visitabile su richiesta al personale in servizio al Parco con accesso contingentato (massimo 22 persone).