La ex chiesa di Sant’Agostino, parte del più ampio antico complesso monastico degli agostiniani di Bergamo oggi adibito a sede universitaria, presenta i caratteri costruttivi riconducibili all’epoca medievale.

Stando al Calvi (1676), la grande chiesa annessa al complesso monastico degli Eremitani di S. Agostino fu fondata nel 1290 per volontà del vescovo Roberto Bonghi e consacrata nel 1347. La presenza di un sepolcro recante la data del 1315 fra la porta laterale della chiesa e la sacrestia testimonia come già in quell'anno data la zona presbiteriale e le campate più vicine ad essa fossero adibite al culto. Nel 1442 agli Agostiniani subentrarono i Minori Osservanti, che promossero un vasto rinnovamento degli edifici conventuali, nei quali ancora si colgono, accanto a parti trecentesche, brani tardo quattrocenteschi. In seguito alla soppressione degli ordini religiosi, nell'Ottocento chiesa e convento furono adibiti a caserma e deposito di armi; gli affreschi furono allora nascosti dietro una cortina muraria in laterizio, rimossa soltanto negli anni Cinquanta e Sessanta del Novecento.

L'interno si distingue per la presenza di un programma decorativo ad affresco esteso a tutte le superfici e riferibili a differenti momenti storici.