È una delle chiese più antiche della città e fa da prezioso scrigno a prestigiose opere d'arte, soprattutto pittoriche, fra le quali spicca la Cappella del Santissimo Sacramento con affreschi e tele dei pittori Romanino e Moretto.

Fra le opere di tipo non pittorico si ricorda il coro, molto semplice, che presenta eleganti sculture a separazione dei vari stalli ed è databile al primo '500. Seguono l'ambone, decorato da un'aquila nera, scultura in legno risalente al Quattrocento rappresentante il simbolo dell'Evangelista Giovanni, anticamente collocata sul portale d'ingresso al convento, e l'organo, originariamente un Facchinetti del 1517 e oggi, dopo una decina di rifacimenti, un Maccarinelli del 1940. All'esterno della chiesa si trova anche l'armonioso chiostro della fine del Quattrocento, a doppio loggiato.

Si segnalano due opere contemporanee di valore: la Statua del Sacro Cuore di Gesù (secondo altare a sinistra), opera del 1955 dei fratelli Poisa, e la Stele di Paolo VI del pistoiese Enrico Savelli, opera d'arte moderna in marmo molto recente (all'inizio della navata destra).