Il complesso Monastico protagonista della rinascita della vita religiosa, ma anche della bonifica agraria della zona, fu fondato per opera dei Monaci Benedettini Cluniacensi che istituirono come “francha curtis”, cioè “corte franca” esente da ogni autorità, il priorato di Rodengo. Documentato dal 1090, fino al 1195 Rodengo fu intitolato a S.Pietro, successivamente a S.Nicolo’ di Bari.

Il fervore di opere costruttive si protrasse per circa tre secoli dando luogo ad uno dei complessi abbaziali artisticamente più significativi dell'Italia settentrionale. Nel Cinquecento furono coinvolti pittori come il Romanino, il Moretto, Lattanzio Gambara e Grazio Cossali; in epoche successive troviamo troviamo impegnati i pittori Gian Giacomo Barbelli, Giovan Battista Sassi ed altri. Di grande pregio sono anche alcune opere lignee (come il coro a tarsie realizzato da Cristoforo Rocchi nel 1480), opere marmoree ed in ceramica (come le decorazioni del chiostro maggiore).

Soppresso da Napoleone nel 1797,il Monastero fu ridotto in stato miserevole dalle frequenti occupazioni militari. Il ritorno degli Olivetani nella loro Abbazia, l’8 Febbraio 1969 è stato auspicato ed espressamente desiderato da Papa Paolo VI che, per essere nativo della vicina Concesio, ben conosceva per averlo visto, il degrado dell’Abbazia.