La chiesa, dedicata alla figura di san Benedetto, risale alla prima parte del XII secolo. Dai documenti dell'abbazia si presume che la chiesa fosse già terminata nel 1136, anno in cui venne istituita l'abbazia.

La chiesa, dalle linee sobrie con pareti nude in pietra senza decorazioni scultoree, era composta di una sola navata con pareti di pietra viva e grandi pilastri, interamente ricoperta a tetto a due spioventi sostenuto da travature lignee a vista. L'altare era collocato in un'abside semicircolare nel quale si aprivano tre piccole aperture a feritoia.

Il 24 maggio 1142, il vescovo Gregorio, assistito da Manfredo Luggiaca vescovo di Brescia e da Giovanni vescovo di Lodi, consacrò solennemente il tempio, dedicandolo a DOM (Dio Ottimo Massimo) e a San Benedetto.

Dell'edificio originale sono rimaste soltanto due delle tre absidi e il transetto, poi suddiviso in tre vani comprendenti il coro al centro, la sagrestia nella parte destra e la cappella del Ss. Redentore in quella sinistra.

Nel XIII secolo, periodo di maggior sviluppo dell'abbazia, la chiesa venne interessata da una radicale ricostruzione, mentre nel 1330 vi fu collocato il monumento sepolcrale di Lanfranco Suardi ed un altro sarcofago di un membro della stessa famiglia.

Altre furono le modifiche fatte apportare all'edificio senza però modificarne la struttura: nel braccio meridionale del transetto fu ricavata una sagrestia da cui si poteva accedere all'edificio monastico.

La chiesa subì alcuni ampliamenti nel XVI secolo, quali la costruzione delle volte della navata centrale, la sistemazione delle absidi e la realizzazione della cappella dedicata al santissimo Redentore, ornata con affreschi e decorazioni. L'interno della chiesa venne invece decorato nel 1633.

Nel periodo di maggior splendore della comunità monastica, ovvero tra il XIII ed il XIV secolo, il complesso comprendeva due chiostri: uno interno, attiguo alla chiesa, ed uno esterno: il primo è ora completamente scomparso, mentre l'altro, seppur completamente rifatto nel corso dei secoli, è ancora presente anche se soltanto con due soli lati dei quattro originali.

Erano inoltre presenti, oltre alla chiesa di San Benedetto, una sala capitolare, dove i monaci si riunivano per le riunioni e gli atti più importanti, il granaio, l'edificio del torchio ed un portico sull'aia.