Il museo, restaurato nel 2008, è costituito da quattro sale espositive. Nell'ampio corridoio di accesso sono collocati due grandi quadri seicenteschi, opera del pittore Francesco Bruno e due video che raccontano al visitatore la storia ed il restauro delle statue del presepe, statue che si trovano nella sala degli stucchi, all'interno di una grande teca in vetro. Nelle due sale laterali che completano la struttura museale sono invece conservati i quadri della pinacoteca.

Il presepe conservato nel museo di Imperia è costituito da 113 statuine lignee settecentesche, nella bottega dello scultore genovese Anton Maria Maragliano. Tracce documentarie attendibili situano il manufatto negli anni compresi fra il 1724 ed il 1741.

La grande "stagione" settecentesca del presepe genovese vide ampia committenza di privati e di soggetti religiosi diversi a fronte di una pletora di botteghe specializzatesi nell'intervento specifico su cui gli storici dell'arte devono ancora lavorare a fondo nell'analisi e nell'identificazione. L'autore che rappresentò in campo artistico, meglio di ogni altro, la vasta diffusione di questo genere di opere fu Anton Maria Maragliano (Genova 1664 - 1739). Apprendista nella bottega scultorea dell'Arata, perfezionò successivamente la sua tecnica sotto la guida del maestro Torre.