Il museo è ubicato all'interno di un palazzo medievale dall'aspetto tardo-rinascimentale e barocco, nel luogo ove sorgeva la sinagoga quattrocentesca, al centro dell'antico quartiere ebraico di Lecce. Nel percorso di visita si osservano le vasche probabilmente utilizzate per le abluzioni rituali (mikwa’ot), il vano dello stipite di una porta in cui era alloggiata una mezuzah e i resti dell’edificio ecclesiale, il cui perimetro è sostanzialmente lo stesso della preesistente sinagoga.

Il visitatore è invitato a seguire le tracce della presenza ebraica a Lecce dal medioevo sino ai giorni nostri, l'eredità dell'ebraismo pugliese in altri centri della diaspora e i rapporti tra comunità di fede diversa nella storia del territorio. Sono inoltre suggeriti itinerari specificamente indirizzati a quanti siano interessati a riscoprire le tracce della presenza ebraica in Puglia.