Il Museo, allestito nell'umile e disadorno appartamento cardinalizio nel Convento dei Frati Minori Cappuccini (XVI secolo), è stato inaugurato nel 1909, per documentare la vita e l'opera del cardinale Guglielmo Massaia (1809 - 1889) ed, inoltre, per conservare e valorizzare le testimonianze, provenienti dalle missioni in Etiopia.

L'itinerario museale si sviluppa in sette sale espositive, lungo il quale sono presentati reperti etnografici, arredi e suppellettile, databili dal XIX al XX secolo.