Il percorso espositivo si articola in una prima sala contenente dipinti e in un salone voltato, interamente affrescato, in cui sono esposti altri dipinti e la suppellettile. Gli oggetti provengono da chiese ormai in disuso, che quindi non consentono una custodia sicura o non garantiscono adeguate condizioni per la loro conservazione, e dalla contigua collegiata di S. Maria. I dipinti della prima sala, già cappella dei Magi, risalgono ai sec. XVI-XVIII; tra cui vanno menzionate la tavola con l'Incoronazione della Vergine Maria eseguita intorno al 1567 da Girolamo Siciolante e la tela con il San Michele Arcangelo realizzata nel 1595 dal fiammingo Frans Van de Kasteele. Il salone affrescato, che fa da seconda sala, era l'oratorio dei Battenti: una confraternita del XV sec. Fu affrescato nella seconda metà del XVIII sec. con storie della vita di Cristo e di Santi dal pittore sermonetano Domenico Fiorentino (1747-1821). La continuità spaziale con l'adiacente chiesa di Santa Maria, la comune natura culturale e matrice religiosa degli oggetti fanno si che l'esposizione museale abbia una ideale estensione nell'edificio di culto, ove è possibile ammirare opere di qualità artistica e di interesse straordinari come gli affreschi del coro.