La maggior parte degli oggetti esposti sono il frutto di un complesso lavoro eseguito nel corso del tempo che ha dato vita ad un insieme armonico di oggetti, reperti ed altre opere restaurate e protette soprattutto in seguito all'ultima distruzione.

La sede attuale del Museo fu fondata nell'anno 1980 e rinnovata continuamente nel corso degli anni secondo criteri museografici. Le tematiche affrontate sono di tipo archeologico, artistico, storico e religioso e comprendono un periodo di tempo che va orientativamente dal 6°sec. a.C. fino ai giorni nostri.

Sezione archeologica: permette di visionare reperti recuperati durante gli scavi nei pressi del monastero.

Sezione medievale: contiene i frammenti dell'abbazia antica distrutta nel corso dei secoli. Sezione delle miniature e delle stampe: qui sono esposti alcuni esemplari di manoscritti e stampati conservati nell'archivio abbaziale.

Non meno importante è la sezione dedicata ai dipinti, agli argenti e ai paramenti sacri. Di recente apertura è la Sala della Natività in cui tra le altre tele, è esposta la tela della Natività di Sandro Botticelli. Molto ricca è anche la sala dedicata all'iconografia benedettina.