Situato all'interno del castello borbonico sede del Municipio; si sviluppa su un ingresso e sei stanze nelle quali hanno trovato sistemazione e opportuna valorizzazione reperti provenienti dai complessi archeologici dell'isola, nonché dai fondali marini prospicienti Ventotene e Santo Stefano.

Nella saletta d'ingresso è esposto un grande plastico dell'isola in età augustea. Le prime tre sale ospitano reperti di provenienza subacquea: nella prima sono collocate numerose anfore di diverso periodo e tipologia, tre ceppi d'ancora, un grande dolium e lingotti di piombo con stampiglio; nella seconda i reperti provenienti dai relitti di Cala Rossano e Le Grottelle. Nella terza le anfore e i mortaria recuperati da due dei nove relitti scoperti nel corso delle indagini d'alto fondale condotte a partire dall'estate del 2008.

La quarta e la quinta sono interamente dedicate alla descrizione della villa di Punta Eolo. La sesta raccoglie plastici ricostruttivi delle cisterne romane, degli impianti termali di villa Giulia, il rilievo in marmo dello stemma borbonico e un sarcofago del II secolo d.C.