Al pianterreno è collocata una mostra permanente biografica e iconografica dedicata al musicista, curata dal m° Lino Bianchi. Il primo piano ospita materiale di studio della Fondazione, raccolta di microfilms delle fonti musicali delle opere del Palestrina, uno schedario analitico dei manoscritti dello stesso Pierluigi con incipit musicali.

Una sala è dedicata ai ritratti, tra i quali un originale del Cinquecento. Nella sala grande, arredata con vetrine e mobili antichi, si tengono seminari e conferenze, nel cortiletto interno è situato l'antico pozzo della Casa. Il secondo piano è sede della biblioteca di interesse musicale e musicologico (7.000 volumi) con settore specializzato sulla cultura rinascimentale.