II primo edificio di culto in onore di Sàlome fu costruito sopra il luogo dell’invenzione, avvenuta il 25 maggio 1209, visibile dall'attuale cripta, accessibile da una scala posta nella navata di destra. Qui si possono ammirare gli affreschi del XIII sec. posti nel catino absidale dove il Cristo Pantocrator è attorniato da una duplice teoria di santi venerati a Veroli in quegli anni, tra cui Sàlome e i due figli Giacomo e Giovanni. Di fronte l’altare, costruito sul locus inventionis, è l’urna dì pietra con epigrafe dedicatoria che nel 1209 ha accolto le reliquie della Santa.

Risalendo nella basilica possiamo notare la splendida confessione, davanti l’altare maggiore, fatta costruire con marmi preziosi e alabastro dal vescovo Tartagni nel 1742, dove si conservano attualmente le reliquie di Sàlome e dei suoi compagni Biagio e Demetrio, martiri. Nell'abside è la tela di Santa Sàlome, opera del Cavalier D’Arpino, mentre i “figli del tuono” Giacomo il maggiore e Giovanni l’evangelista, sono opera del cav. Giuseppe Passeri, allievo del Maratta, dei primi del Settecento. Nel transetto sinistro del presbiterio negli anni ’50 furono scoperti gli affreschi del XIII-XIV sec. in precedenza nascosti dal coro ligneo dei canonici e da uno strato di intonaco. Sulla porta della sagrestia una delicatissima Madonna in terracotta, inserita in una mandorla, un tempo posta nell'abside. In quello di destra un trittico del ‘500 con influssi michelangioleschi, proveniente dalla chiesa conventuale di S. Martino.