L'origine del complesso abbaziale di Sant'Andrea in Flumine è incerta. Il monastero sarebbe stato edificato nell’VIII secolo da Carlomanno, fratello di Pipino il Breve e, dal 747, monaco del Soratte. Sia l’Abbazia sia la chiesa, in realtà, sorgono su rovine preesistenti dell’epoca romana. Originariamente dedicato ai santi Pietro, Benedetto e Andrea, il monastero ha conservato solo il nome di “Sant’Andrea”. La denominazione “in flumine” è un chiaro riferimento topografico al vicino Tevere. La posizione strategica e la vicinanza del porto fluviale fecero di questa abbazia un importantissimo snodo per il controllo dei traffici e del servizio di traghetto che collegava la zona con la città di Roma.

La chiesa, consacrata, che si trova nel complesso abbaziale è in stile romanico. Al suo interno si trovano delle vere e proprie opere d’arte, come gli stupendi mosaici cosmateschi, il ciborio realizzato nel XII secolo dal maestro Nicola con i figli Giovanni e Guittone e vari affreschi risalenti ai secoli VIII-IX e XV-XVI. Di rilievo la presenza di un raro esempio di jubé, particolare struttura molto diffusa nelle chiese abbaziali, che serviva a mantenere separati il presbiterio, usato dai religiosi, dalla navata occupata dai fedeli.