La villa fu fatta costruire nella seconda metà del XVI secolo da Giovanni Battista Lercari, doge della Repubblica di Genova nel biennio 1563-1565, proprietario del Palazzo Lercari-Spinola di via degli Orefici. Lo stesso doge ne finanziò la decorazione interna delle sale, che fu iniziata al piano terreno con l'affresco della vasta volta dell'atrio, con grottesche e paesaggi realizzati da un autore non identificato. Sempre al piano terreno, l'ambiente che presenta le decorazioni di maggior pregio, giunte fino a noi in ottimo stato di conservazione, è la sala con le Storie di Paride raffigurate sulla volta, attribuite a Bernardo Castello, che raffigura al centro il Ratto di Elena, affiancato da Paride fanciullo consegnato ai pastori, il Convito degli dei e Il giudizio di Paride, entro cornici bianche a stucco. A seguito della tragica scomparsa del figlio maggiore del doge, la campagna decorativa cinquecentesca venne interrotta.
La villa è costruita secondo il classico modello alessiano, simile nella struttura alla villa Giustiniani Cambiaso di Albaro, ma non si conosce il nome del progettista. È uno dei due palazzi sampierdarenesi descritti da Rubens nel volume Palazzi di Genova (l'altro è "La Fortezza"), dove è identificato come il palazzo "C". Come molte ville del Cinquecento, fu dotata di una torretta di protezione.
All'interno è presente un importante ciclo di affreschi dei secoli XVI e XVII secolo riferibili a Bernardo Castello (Ratto di Elena e Storie di Paride) nell'atrio, Giovanni Carlone (Imprese di Megollo Lercari e Nozze di Pellina e Luca Spinola) nel salone del piano nobile e Giovanni Andrea Ansaldo (Imprese di Ambrogio Spinola e Gesta di Perseo) nelle stanze laterali, tutti di grande pregio.
Gli studenti del Liceo Statale Piero Gobetti organizzano in loco visite guidate in occasione di diverse manifestazioni cittadine.
Si consiglia di verificare la corrispondenza degli orari di apertura contattando direttamente la struttura.
