Un primo nucleo del Museo di Chimica può considerarsi costituito da diverso materiale (strumenti, collezioni di libri, documenti, etc.) che, nel corso degli anni, si è accumulato nei locali successivamente destinati all'Istituto di Chimica Generale, in via Balbi dapprima e quindi in viale Benedetto XV, 3.

Le collezioni di libri, tra cui diversi testi pietre miliari nella evoluzione delle discipline chimiche, sono state in generale trasferite alla sezione antiquaria della Biblioteca annessa all' attuale Dipartimento di Chimica e Chimica Industriale (Centro di Servizi Bibliotecari di Chimica" S. Cannizzaro").

Una notevole quantità di materiale acquisito nel corso di più di 150 anni è costituito da strumenti, vetrerie, ete. destinati sia alla ricerca che alla didattica. Interessanti sono, per esempio, diversi piccoli apparecchi usati per illustrare, a lezione, dalla cattedra lo svolgimento di alcuni esperimenti cruciali, quali gli apparecchi usati, secondo Lavoisier, per l'analisi dell' aria, e rispettivamente dell' acqua, oppure per la misura allo stato gassoso della densità di una sostanza, e quindi del suo peso molecolare.