Voluta dai padri gesuiti, la chiesa venne costruita a partire dal 1654 per arrivare a conclusione solo nel 1767, anno in cui fu consacrata dal primo Arcivescovo di Gorizia Carlo Michele d’Attems. Sul lato sinistro dell’edificio, dove oggi si trova il palazzo dell'INPS, sorgeva originariamente il Collegio dei padri gesuiti,  trasformato in caserma in seguito alle soppressioni di Giuseppe II e infine demolito dopo la prima guerra mondiale.

Oltre ai cipolloni con cui terminano i due campanili, sulla facciata si possono ammirare le statue di Sant'Ignazio (al centro), San Giovanni Battista e San Giuseppe (patrono della Contea di Gorizia) sistemate nelle nicchie poste sopra i tre portali d’ingresso.

L'interno, tipicamente barocco, è dominato dall'altare maggiore, opera di Pasquale Lazzarini (1667-1731), con le statue dei quattro evangelisti e la Vergine col Bambino, oltre a quelle di san Stanislao Kostka, san Francesco Borgia, san Francesco Saverio e san Luigi Gonzaga. L'affresco sul fondo con la Gloria di Sant'Ignazio, concepito nei modi dell’illusionismo architettonico, è opera di Cristoph Tausch, pittore architetto originario di Innsbruck a cui si deve anche il progetto della facciata. Su ognuno dei due lati dell’unica navata si aprono tre cappelle con bellissimi altari di marmi policromi, voluti da alcune delle più importanti famiglie nobili della città, come Cobenzl, Della Torre e Strassoldo. Da segnalare anche il pulpito in marmo bianco di Carrara e verde siciliano realizzato nel 1750 e attribuito a Pietro Baratta.