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Nel 1634 la famiglia Guadagni lo acquistò, affidando all'architetto Gherardo Silvani la ristrutturazione del palazzo e del giardino (1644). L'edificio fu così trasformato in una villa suburbana, del tipo allora noto come Casino. La famiglia ne fu proprietaria fino al 1777, quando lo vendette a Bonnie Prince Charlie, che allora usò lo pseudonimo di conte di Albany; poiché quest'ultimo era il pretendente legittimista ai troni di Inghilterra, Scozia, Irlanda e Francia, il palazzo è anche detto Palazzo del Pretendente. Successivamente passò a Simone Velluti Zati, duca di San Clemente, da cui l'attuale nome. Il principe russo Nikolai Demidov fu suo ospite nel 1882. Attualmente l'edificio è una delle sedi della Facoltà di Architettura di Firenze.

La sala biblioteca, illuminata dalle ampie finestre sul giardino, presenta sul soffitto l'affresco più famoso di quelli del palazzo, San Martino che dona il mantello a un povero di Baldassarre Franceschini detto il Volterrano, eseguito nel Seicento per il suo committente e protettore Vieri Guadagni. La grande scena mostra l'influsso di Peter Paul Rubens, con una verosimile prospettiva dal basso verso l'alto e un notevole uso del colore con tonalità a volte tenui e opaline a volte crude e cangianti.