Le Cappelle medicee sono il luogo di sepoltura della famiglia Medici, ricavato da alcune aree della Basilica di San Lorenzo a Firenze, al quale si accede dal retro della chiesa, in piazza Madonna degli Aldobrandini.

Le due parti principali che si visitano sono prolungamenti dell'abside della basilica: la Sagrestia Nuova, edificata da Michelangelo dal 1519 in un decennio circa, e la grande Cappella dei Principi, del secolo successivo, completamente ricoperta da marmi e pietre semi-preziose dove sono sepolti i granduchi di Toscana e i loro familiari; inoltre fanno parte del percorso alcune sale della cripta (ideata dal Buontalenti) sotto la Cappella dei Principi.

La Cripta è il primo ambiente al quale si accede dall'ingresso del museo. In questo ambiente sorretto da basse volte, si trovano sul pavimento le lastre tombali dei granduchi, delle loro consorti e dei familiari stretti. Recentemente, vi è stata sistemata, in numerose teche, una ricca collezione di reliquiari Sei-Settecenteschi legati alla sfarzosa committenza granducale. Da questo ambiente si accede, attraverso due scalinate, alla soprastante Cappella dei Principi.