Il Museo situato in una cascina all'interno dell'Azienda, raccoglie collezioni e campioni in parte provenienti dai laboratori interni all'Istituto durante le varie fasi di ristrutturazione, in parte donate da istituzioni e privati.

Circa 4000 campioni suddivisi in più sezioni. Zoologica: La collezione donata dalla Scuola Agraria di Scandicci alla sua chiusura nel 1952, fa parte della raccolta del Prof Napoleone Passerini, comprende preparati in alcool e naturalizzati di invertebrati, pesci, anfibi, rettili e mammiferi ed uccelli impagliati. Botanica: raccoglie modelli in gesso di fiori e funghi, erbari. Di particolare importanza la collezione storica in gesso e cera di ortaggi, pomaceee e drupacee degli inizi del XIX secolo, unica per la sua completezza realizzata da Garnier Valletti.

Le collezioni in parte catalogate, sono esposte in armadi storici che facevano parte dell'arredo dell'Istituto. Attualmente una parte delle collezioni sono poste in una stanza che funge da archivio in attesa di un ampliamento dei locali. Sono state restaurate, da parte dell'Opificio delle Pietre dure, tutte le cere di interesse scientifico-artistico.