La collezione dei molluschi è la più ricca con circa 700 esemplari, ripartita in molluschi terrestri, d’acqua dolce e marini, in cui figurano numerose specie rare. Tutta la collezione è esposta mantenendo l’ordinamento e la classificazione data dallo stesso Bracciforti. Un’altra collezione minore del Bracciforti è quella dei crostacei che annovera alcune decine di esemplari, con diversi tipi in esposizione tra cui vistosi gamberi e granchi.

Le altre collezioni del Bracciforti riguardano poriferi (spugne), celenterati (coralli; madrepore, meduse, ecc.) ed echinodermi (stelle, gigli, ricci di mare, ofiure, ecc.). A questo notevolissimo materiale si aggiunsero nel 1926 altre raccolte d’invertebrati provenienti dall’Istituto di Zoologia dell’Università di Pisa. Appartengono ai seguenti tipi: poriferi, celenterati, platodi, vermi, nematodi, anellidi, echinodermi, tunicati, leptocardi e molluschi. Tali collezioni sono tutte visibili nel museo con la classificazione indicata dall’Istituto di Zoologia dell’Università di Pisa.

Nell’esposizione dei vari gruppi d’invertebrati si procede dai più semplici, collocati nelle vetrine a sinistra, ai più complessi, per arrivare ordinatamente alle collezioni dei vertebrati relative ad animali viventi italiani ed esotici: pesci, rettili, anfibi, uccelli e mammiferi.

Nel settore dei vertebrati la collezione principale è quella ornitologica, che comprende . diversi tipi e molte specie rare (circa 900 esemplari esposti), incluso il materiale ornitologico raccolto dall’ing. Alberto Inzani, durante una missione militare nel Sud America dal 1922 al 1925. Collezioni di minore importanza riguardano uova e nidi. Costituiscono infine materiale del museo teschi e plastici per l’insegnamento dell’anatomia comparata, secondo i programmi dei licei.