L’Orto Botanico dell’Università di Modena fu fondato nel 1758, per volontà del Duca Francesco III d’Este, che destinò una parte del giardino di corte alla coltivazione e alla dimostrazione delle piante medicinali.

L’Orto Botanico di Modena possiede collezioni vegetali viventi e non viventi, come comunemente avviene in diversi Orti ed Istituti Botanici di ogni paese. Le collezioni viventi sono collocate nelle Serre Ducali, nelle serra delle piante succulente, nella Serretta, nel Sistema e nell'Arboreto; inoltre da alcuni anni è presente una piccola ma importante collezione di plantule in vitro conservate presso il Laboratorio di Micropropagazione.

Le collezioni delle Serre Ducali comprendono una grande varietà di specie botaniche esotiche, differenziate in termini di provenienza e di adattamenti all'ambiente (nell’ala a sinistra dell’edificio è ubicata la “Serra calda, mentre la “Serra fredda” (non riscaldata) si trova sul lato destro).  La Serra calda ospita esemplari di Cyperus (C. papyrus e C. alternifolius), Monstera deliciosa, Ficus benjamina, Ficus nervosa e numerose piante acquatiche: Pistia stratioides, Eichornia crassipes, Lemna minor, Salvinia natans e Azolla caroliniana.

Le specie botaniche presenti oggi nel Sistema appartengono in buona percentuale alla flora europea. Queste collezioni vengono arricchite prevalentemente da raccolte in natura e attraverso gli scambi di materiale di propagazione con altre istituzioni, italiane ed estere. L’organizzazione tradizionale ad aiuole consente di raccogliere e mettere a confronto in poco spazio specie erbacee ed arbustive, annuali e perenni, appartenenti a diverse Famiglie botaniche.

L’erbario comprende decine di migliaia di campioni di piante a fiore, felci, muschi, funghi, alghe, licheni, raccolti in natura o provenienti da acquisti e scambi con altre Istituzioni italiane ed estere. L’erbario lichenologico di Francesco Baglietto (1826–1916) è considerato uno dei più importanti (o forse il più importante) erbario lichenologico storico a livello italiano ed europeo.

La Xiloteca Storica è costituita da circa 350 campioni di legni che provengono da specie arboree coltivate in loco o acquisite da altre Istituzioni, attraverso le attività di scambio.L’Orto Botanico di Modena possiede collezioni vegetali viventi e non viventi, come comunemente avviene in diversi Orti ed Istituti Botanici di ogni paese. Le collezioni viventi sono collocate nelle Serre Ducali, nelle serra delle piante succulente, nella Serretta, nel Sistema e nell'Arboreto; inoltre da alcuni anni è presente una piccola ma importante collezione di plantule in vitro conservate presso il Laboratorio di Micropropagazione.