Il Museo di Zoologia ed Anatomia Comparata, nato sul finire del Settecento come raccolta naturalistica sia di esemplari del territorio modenese che di specie animali esotiche. Per tutto l'Ottocento fino alla metà del Novecento il museo ha progressivamente accresciuto quantità e qualità delle collezioni, anche grazie alle donazioni illustri del duca Francesco IV d'Austria Este, del re Vittorio Emanuele II e di numerosi cittadini e studiosi modenesi.

Oggi il museo espone straordinarie raccolte zoologiche di animali provenienti da tutto il mondo: circa 3500 vertebrati naturalizzati (uccelli, mammiferi, pesci e rettili), di cui un centinaio appartenenti alla fauna vertebrata del modenese, circa 1000 vertebrati conservati sotto liquido (pesci e rettili in particolare), 250 scheletri e parti anatomiche di vertebrati, varie centinaia di invertebrati conservati in alcool o formalina.

Notevoli sono poi le collezioni malacologica ed entomologica, la raccolta Franchini che consiste in una ricca collezione di animali parassiti e velenosi, e la collezione ornitologica di psittaciformi (pappagalli).