Il nucleo principale della collezione inizialmente era costituito dallo scheletro di Monte Falcone e da una cospicua raccolta di molluschi fossili appartenuta all’appassionato collezionista avvocato Odoardo Bagatti che tra la fine dell’Ottocento ed i primi del Novecento raccolse una grande quantità di materiale raccolto nei terreni fossiliferi della provincia di Piacenza. La collezione comprendeva un gran numero di specie tra bivalvi e gasteropodi oltre a numerosi altri invertebrati quali coralli, echinidi e crostacei. A questo nucleo originario si sono aggiunti nel corso degli anni, numerosi reperti fatti affluire al museo da appassionati e collezionisti emiliani e lombardi.