Il museo si sviluppa su quattro piani e attraverso le opere esposte rappresenta i “segni di un passaggio” mantenendo anche i segni inferti dall’abbandono; mostra mobili, tele, cornici, ceramiche, vasi sacri, reliquiari, pale d'altare, così come quegli oggetti che il tempo ha dimenticato e consumato, caduti nell'oblio, sostituiti da altri nuovi, accantonati in un deposito da qualcuno che ha deciso che, nonostante tutto, valeva la pena venissero conservati.

Il deposito del museo ha ispirato il modello espositivo: la quantità di opere e oggetti provenienti dalle varie parrocchie, nel suo insieme, riflette la fede di un territorio.

Abbiamo costruito una messa in scena tenendo conto del fascino che promana dagli oggetti che si accumulano in un baule, in un cassetto, e che trovano senso nello stare insieme. Le opere imperfette e frammentarie, in quanto autenticamente portatrici di un vissuto di fede, sono depositi di sguardi e restituiscono il senso del bisogno dell’uomo di certezze che, come nel bambino con la madre, nascono anche dal contatto con l’immagine di un Dio che protegge.

In particolare si segnalano due tele di Guido Cagnacci del 1625, un trittico di Benedetto Coda del 1520, un affresco staccato del 1467 e un reliquiario marmoreo del XII secolo.

Nel 2014 è stata aperta al pubblico una nuova sezione dedicata all'esposizione del tesoro del Santuario della Madonna delle Grazie, adiacente al museo, e al modello dinamico di un popolo pellegrino della fede.

Nel 2018 è stata inaugurata una sezione che mostra oggetti e opere d’arte donati al Nunzio Apostolico negli incontri con le Chiese e le realtà locali in varie parti del mondo, in maggior numero dal continente asiatico. Di eccezionale valore una statua in pietra del Buddha, una delle primissime rappresentazioni proveniente dal Gandhara, e un'ammonite gigante (fossile di mollusco estintosi all'epoca dei dinosauri), così come i numerosi manufatti provenienti dal Giappone, in particolare un originalissimo presepe.